企画調整部は、従来の組織の再編にともない平成18年4月に新たに発足した部で、企画調整室、文化財情報研究室、国際遺跡研究室、展示企画室、写真室からなり、奈良文化財研究所が実施するさまざまな研究に係る事業について、総合的に企画を調整し、その成果の公 開活用を進めます。
文化遺産部は、歴史研究室、建造物研究室、景観研究室、遺跡整備研究室の4室で構成されており、それぞれが「書跡・典籍・歴史資料」、「歴史的建造物・伝統的建造物群」、「文化的景観」、「庭園・遺跡整備」について、専門的かつ総合的な調査研究をおこなっています。
都城発掘調査部は、平城地区および飛鳥・藤原地区に分かれて置かれています。考古第一研究室(出土した木製品・金属製品などの整理・分析を担当)、考古第二研究室(土器)、考古第三研究室(瓦)、史料研究室(文字資料)、遺構研究室(建築遺構)の5室で構成され ていますが、令和3年4月からは、各地区にこの5室が置かれた10室体制になりました。奈良が奈良であるゆえんの平城宮・平城京と、古代国家成立の歴史の舞台になった大和飛鳥それに藤原宮・藤原京の発掘調査研究を、各研究室が共同して進めています。
埋蔵文化財センターでは、主として埋蔵文化財の調査法等に関する開発研究をおこなっています。保存修復科学研究室、環境考古学研究室、年代学研究室、遺跡・調査技術研究室から成り立っています。
7世紀の飛鳥の地は、日本の政治・文化の中心でした。1400年の歳月を隔て現在は田んぼとなった飛鳥の地中には「日本書紀」の舞台となった数々の遺跡が眠っています。飛鳥資料館ではこのような発掘成果を中心に、最新の飛鳥・藤原地域の研究成果を分りやすく展示していま す。
研究支援推進部は、管理的業務だけでなく研究部の特性を活かした積極的運営を行う事務組織に変革するため、平成22年4月に改組した部です。総務課、連携推進課、研究支援課からなり、奈良文化財研究所が行う調査・研究を積極的に推進するための業務を行っています 。