| 昭和27年4月 |
文化財保護委員会の付属機関として奈良文化財研究所（庶務室・美術工芸研究室・建造物研究室・歴史研究室）を奈良市春日野町50番地に設置 |
| 昭和29年7月 |
奈良国立文化財研究所と改称 |
| 昭和35年10月 |
奈良市佐紀東町の平城宮跡に発掘調査事務所を設置 |
| 昭和38年4月 |
平城宮跡発掘調査部を設置 |
| 昭和43年6月 |
文化庁が発足 その付属機関となる |
| 昭和45年4月 |
平城宮跡資料館を開館 |
| 昭和48年4月 |
会計課・飛鳥藤原宮跡発掘調査部・飛鳥資料館を設置 |
| 昭和49年4月 |
庶務部（庶務課・会計課）と埋蔵文化財センターを設置 |
| 昭和50年3月 |
奈良県高市郡明日香村奥山に飛鳥資料館を開館 |
| 昭和55年4月 |
奈良市二条町への庁舎移転に伴い、平城宮跡発掘調査部・埋蔵文化財センターを新庁舎に移転統合、美術工芸研究室を奈良国立博物館の仏教美術資料研究センターに移管 |
| 昭和63年8月 |
飛鳥藤原宮跡発掘調査部庁舎を橿原市木之本町94-1に新営 |
| 平成13年4月 |
独立行政法人文化財研究所 奈良文化財研究所となる |
| 平成19年4月 |
独立行政法人国立文化財機構 奈良文化財研究所となる |
| 平成30年6月 |
二条町新庁舎竣工 |
| 令和2年10月 |
独立行政法人国立文化財機構本部の文化財防災センター事務局が庁舎内に開設 |
| 令和6年4月 |
研究室の統合、新設、名称変更、事務系各課の再編などの組織改編を実施 |
