■1952년 4월
문화재보호위원회의 부속 기관으로서 나라문화재연구소
(서무실・ 미술공예연구실・건조물연구실・역사연구실)를 나라시(奈良市) 카스가노초(春日野町) 50번지에 설치
■1954년 7월
나라국립문화재연구소로 이름 변경
■1960년 10월
나라시(奈良市) 사키히가시마치(佐紀東町)의 헤이조궁터에 발굴조사사무소를 설치
■1963년 4월
헤이조궁터(平城宮跡)발굴조사부를 설치
■1968년 6월
문화청이 발족되어, 그 부속기관으로 배속
■1970년 4월
헤이조궁터(平城宮跡)자료관 개관
■1973년 4월
회계과・아스카후지와라궁터(飛鳥藤原宮跡)발굴조사부・아스카(飛鳥)자료관을 설치
■1974년 4월
서무부(서무과・회계과)와 매장문화재센터를 설치
■1975년 3월
나라켄(奈良県) 타카이치군(高市郡) 아스카무라(明日香村) 오쿠야마(奥山)에
아스카자료관을 개관
■1980년 4월
미술공예연구실을 나라국립박물관의 불교미술자료연구센터로 이관
■1980년 4월
청사를 나라시(奈良市) 니조초(二条町)로 이전
헤이조궁터발굴조사부・매장문화재센터를 청사로 이전 및 통합
■1988년 8월
아스카후지와라궁터발굴조사부 청사를
카시하라시(橿原市) 키노모토초(木之本町) 94-1에 신설
■2001년 4월
독립행정법인 문화재연구소 나라문화재연구소로 명칭 변경
■2007년 4월
독립행정법인 국립문화재기구 나라문화재연구소로 명칭 변경