第二展示室では、山田寺にスポットをあてた展示をおこなっています。山田寺は、大化の改新で有名な蘇我倉山田石川麻呂が、641年に建設をはじめた初期仏教寺院です。1982年の発掘調査によって、その東回廊が、倒れた状態で地中に埋もれているのが見つかりました。飛鳥の大寺院の多くは時代の流れとともに地上から姿を消しており、山田寺東回廊は、現存する世界最古の木造建造物である法隆寺よりも古い例となります。展示室では、最も残り具合のよかった東側の柱間３間分の部材を本来の位置に使って、当時の建築構造と規模が分かるように組み立てなおし、かつての山田寺の東回廊を再現しています。 建築の歴史や、日本の文化の変遷を考える上で、かけがえのない資料として、2007年には重要文化財に指定されました。1,000年以上もの間、地中に眠っていた建築部材は、脆くこわれやすくなっており、保存処理に、14年という歳月がついやされました。