■1952年4月
作為文化財保護委員會的附屬機構,"奈良文化財研究所"在奈良市春日野町50番地成立。下設總務室、美術工藝研究室、建造物研究室及歷史研究室。
■1954年7月
更名為"奈良國立文化財研究所"。
■1960年10月
在奈良市佐紀東町的平城京遺址設置考古發掘辦事處。
■1963年4月
設置平城宮遺址考古發掘部。
■1968年6月
日本文化廳成立,本研究所成為其附屬機構。
■1970年4月
開設平城宮遺址資料館
■1973年4月
設置會計課、飛鳥藤原宮遺址考古發掘部及飛鳥資料館。
■1974年4月
設置總務部(下設總務課、會計課)及地下文化財中心。
■1975年3月
在奈良縣高市郡明日香村奧山開設飛鳥資料館。
■1980年4月
將美術工藝研究室移交給奈良國立博物館佛教美術資料研究中心。
■1980年4月
將總部辦公室遷至奈良市二條町,合併平城宮遺址考古發掘部與地下文化財中心。
■1988年8月
在橿原市木之本町94-1新建飛鳥藤原宮遺址考古發掘部辦公室。
■2001年4月
成為"獨立行政法人文化財研究所 奈良文化財研究所"。
■2007年4月
成為"獨立行政法人國立文化財機構 奈良文化財研究所"。