京都大学大学院
京都大学大学院人間・環境学研究科共生文明学専攻―文化・地域環境論講座の文化遺産学分野の客員教員として大河内隆之（年輪年代学論）・小澤毅（遺跡調査法論）・小野健吉（庭園文化論）・高妻洋成（保存科学論）・清水重敦（文化的景観論）・松井章（環境考古学論）ら６名がそれぞれの講義を担当し、全員が文化遺産学演習や共生文明学特別講義を担当した。
授業では、各教員の専門である年輪年代学、都城・寺院を対象とした歴史考古学、庭園史学、保存科学、文化的景観学、環境考古学等の講義・演習・実習等をおこない、また文化遺産学を専攻する院生らは、授業以外も主として奈文研で研究を行い、必要に応じて各教員が指導にあたった。2010年度に在籍した院生は、修士課程４名、博士後期課程４名（休学を含む）であった。
京都大学大学院人間・環境学研究科では、2010年度、松井章が主査をつとめる院生１名が人間・環境学博士号を授与された。京都大学との連携大学院教育において、院生が博士号を取得するのは４人目である。
奈良女子大学大学院
奈良女子大学大学院人間文化研究科比較文化学専攻文化史論講座の客員教員として、深澤芳樹（客員教授）、小池伸彦（客員教授）及び渡辺晃宏（客員教授）がそれぞれ、「歴史考古学特論」、「文化財学の諸問題」、「歴史資料論」を担当し、博士後期課程の大学院生の指導をおこなった。
いずれも、飛鳥地域、藤原宮・京跡、平城宮・京跡などの遺跡の発掘調査、坩堝や羽口、木製品、木簡をはじめとする遺物の調査研究に密着した授業であり、大学における通常の授業では経験できない、奈文研ならではの特色ある教育を実践した。